Sau khi kế thừa Tổ vị, sư chuyên tâm tọa Thiền không nằm ngủ hay ngã lưng xuống chiếu trong 60 năm.

Thời nhà Tùy, niên hiệu Đại Nghiệp, năm thứ mười ba, Sư cùng các môn đệ đi đến Cát Châu, gặp lúc bọn giặc vây thành đến 70 ngày vẫn chưa giải vây được, muôn dân trong thành sợ hãi. Sư thương tình dạy họ niệm Ma-ha Bát-nhã. Bên ngoài, bọn giặc nhìn lên bờ thành thấy như có thần binh xuất hiện. Bọn giặc bảo nhau: ''Bên trong thành chắc có dị nhân, không thể công phá càn bừa được ''. Rồi chúng bỏ đi.

Đời Đường niên hiệu Vũ Đức, năm Giáp Thân, sư trở lại Kỳ Xuân, trụ tại núi Phả Đầu, người đến thọ học rất đông. Từ đây Thiền tông bắt đầu tiến lên giai đoạn mới, tăng sĩ không còn nay đây mai đó khất thực mà tu học định cư tại các thiền viện. Ngoài ra, việc nghiên cứu học hỏi kinh sách không còn giữ giá trị tuyệt đối nữa mà thay vào đó là sự ứng dụng. Thực hành Phật pháp được coi trọng hơn hết và đó cũng là một trong những đặc điểm cơ bản đưa Thiền tông lên cao trong đời nhà Đường.

Một hôm, sư nói cùng đồ chúng:'' Thời Vũ Đức, ta du ngoạn đến Lư Sơn, leo lên đến chóp đỉnh, nhìn qua núi Phá Đầu, thấy mây sắc tía như cái lộng che, bên dưới có khí trắng, quyện quanh qua sáu luồng. Các ông có biết là gì không?''. Chúng đều im lặng, có môn đệ Hoằng Nhẫn nói: '' Há có phải sau này Hòa thượng sẽ nảy sinh một chi Phật pháp đó không?'' Sư nói: ''Đúng''.

Vào thời Trinh Quán, năm Quý Mão, vua Đường Thái Tông mộ đạo vị của sư, muốn chiêm ngưỡng phong thái nên xuống chiếu triệu về kinh. Sư dâng thư từ chối, trước sau 3 lần đều lấy cớ đau ốm không đi. Lần thứ tư, vua lệnh sứ giả, nói: ''Nếu mời không được, hãy mang thủ cấp về đây''. Sứ giả lên núi đọc chỉ dụ. Sư liền ngửa cổ chờ chém, thần sắc vẫn an nhiên. Sứ giả lấy làm kinh dị, trở về tâu lại, vua nghe càng thêm hâm mộ, bèn gửi vải quý cúng dường và chấp nhận cho sư ở lại núi.

Đến đời Vua Đường Cao Tông, niên hiệu Vĩnh Huy, ngày 4 tháng 9. Sư bỗng dặn dò môn nhân rằng: ''Hết thảy các pháp đều là giải thoát. Các ông đều phải tự hộ niệm, truyền bá đời sau''. Nói xong, sư ngồi yên thị tịch, thọ 72 tuổi, tháp lập ngay tại núi Phá Đầu. Vua Đường Đại Tông sắc hiệu là Đại Y Thiền sư, tháp hiệu Từ Vân.